这部动画片讲述了剪刀、石头、布这三个孩子在大千世界中寻求知识的生动的、有趣的故事。在内容上选取了自然科学、社会科学、人文科学等多个领域中在现代科技发展上的热门话题，以生动有趣的故事为叙事平台，通过较为直观的科学试验和科学原理的介绍，使知识的传授不再是僵硬死板的灌输，而成为轻松活泼的游戏和娱乐。除了这三个主要人物之外，该片还有科学家、动画导演、欧洲妇人以及大象、刺猬、山羊、企鹅、海中鱼类等众多造型。由于每一集内容的不同，因而每一集都会有许多新的造型出现。..
夜知春亮（梶裕贵 配音）只是一介平凡无奇的少年，就读于私立大秋高中的他过着味同嚼蜡的独生生活。某日夜里，春亮发觉厨房里有不同寻常的响动，本以为家里进了小偷的春亮却意外发现了一个没穿衣服的少女。 少女名叫菲娅（田村由加莉 配音），是化为人形的诅咒道具，一番波折之后，诅咒对其无效的春亮和菲娅开始了“幸福甜蜜”的同居生活。之后，黑长直萝莉人形原黑绘（小仓唯 配音）、迷迷糊糊的萨文蕾提（井口裕香 配音）、天才美少女童星樱参白穗（斋藤千和 配音）等祸具少女接二连三的出现在了春亮的身边。她们所要面对的，是一心想要找到并将她们破坏殆尽的神秘组织，而普通人春亮亦被卷入其中。
支遁動物記」編
収録されるのは人気エピソード「モンスター」編（約23分予定）。杉元一行VS不死身の“モンスター”のバトルアクションや、“親分”と“姫”の恋物語が映像化される。
杉元とアシ(リ)パの再会は叶うのか!? 極寒の地で新たな局面を迎える生存競争サバイバル、樺太編が開幕ッッ!!! 網走監獄で繰り広げられた激しい攻防戦の末に、離れ離れになってしまった「不死身の杉元」こと杉元佐一とアイヌの少女・アシ(リ)パ。アシ(リ)パは「脱獄王」の白石由竹とともに、キロランケと尾形百之助によって父の足跡が残る場所・樺太に連れ去られていた。アイヌの金塊を強奪した張本人である「のっぺら坊」が死んだ今、その秘密を解けるのは娘のアシ(リ)パのみ。キロランケの目的は、彼女を連れてかつての仲間である極東ロシアのパルチザンと合流することにあった。 一方、第七師団の鶴見中尉と手を組んだ杉元と谷垣源次郎は、アシ(リ)パを捜索するための先遣隊に志願。月島軍曹と鯉登少尉を同行者として樺太を目指す。北海道よりさらに北に位置する極寒の地で、それぞれの旅路を進む...
Lt. Tsurumi visits Edogai, a taxidermist, in the town of Yuubari. He has a new plan to bring chaos to the war moxia.cc for the tattoo code: he's going to create fake skins that only he can detect.
明治时代后期。别名“不死身的杉元”的日俄战争英雄·杉元佐一，为了某个目的而前往能够发大财的北海道。在那里，有着从阿伊努人手中夺走的莫大藏金这一能够一攫千金的机会。藏金被收监于网走监狱的男人所隐匿，而24名越狱犯身上所刻的刺青则是指示其所在地的线索。此时，遭到棕熊袭击的杉元，被一位阿伊努少女所救。名叫阿席莉帕的这位少女，她的父亲被夺走藏金的男人杀害。不止如此，仿佛与杉元的行动相呼应一般，早就对藏金虎视眈眈的北方最强部队·第七师团以及背负着刺青的越狱犯们的行动也开始浮出水面。以壮阔的北方大地为舞台，这场一攫千金求生行动究竟会如何发展……！？
成熟稳重彬彬有礼的大宫忍（西明日香 配音）、来自英国的留学生少女爱丽丝（田中真奈美 配音）、个性认真智商过人的小路绫（种田梨沙 配音）、活泼开朗大大咧咧的猪熊阳子（内山夕实 配音）、呆萌可爱娇小可人的九条可怜（东山奈央 配音），五个个性迥异但同样善良可爱的女孩顺利的升入了高中二年级。 可是学年刚刚开始，爱丽丝就得到了一个噩耗——忍被分配到了别的班级，不再和她是同班同学了，这让爱丽丝受到了巨大的暴击。虽然不在一个班上课，但五个女孩之间的友情不会有一丝一毫的改变。时间流逝着，充满了意外和惊喜的喜剧继续上演。
大宫忍（西明日香 配音）是一位平凡的十五岁少女，黑瞳黑发，从头到尾，从里到外都是标准日本少女样貌的她，其实有过寄宿在英国家庭的经历。忍的个性成熟而又稳重，温文尔雅，但却又十分执着，有着自己的主意和想法，不会轻易动摇。 回到日本后，忍意外的收到了一封来信，写信的是名叫爱丽丝（田中真奈美 配音）英国少女，她是忍在英国寄宿家庭房东的女儿。爱丽丝告诉忍，这一次，她决定前往日本，来忍家寄宿。追随爱丽丝而来的，是她的青梅竹马九条可怜（东山奈央 配音），拥有典型外国人样貌的她实际上是混血儿。围绕着三位活泼可爱的少女，充满了快乐和温馨的校园喜剧正式拉开序幕。
原作単行本の巻末オマケ漫画をアニメ化した短編 第1期&第2期BDにのみ収録
黑礁将以OVA形式推出第三季，剧情主要以Lovelace家族的女佣、前任哥伦比亚革命军的恐怖份子“弗罗伦西亚的猎犬”-罗贝尔特为主线，收养她的Lovelace家族主人在一起由NSA策划的爆炸中死亡，罗贝尔特为了展开复仇再次走上了血路。6月26日ova1初回放送公开
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅 配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。 精明冷静的首领达奇（礒部勉 配音），个性刚强的双抢手薇拉（丰口惠美 配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明 配音），在这些神秘人物的围绕下，洛克逐渐找到了同伴的感觉，同时，一条充满了危机与冒险的道路也在他的面前展开了。
